公休抵扣病假工资问题中存在以下特殊情况或例外情形：
1. 用人单位与员工的特殊书面约定（但需合法）：若用人单位与员工在劳动合同中约定“员工自愿用公休抵扣病假工资”，但该约定必须符合法律规定，即不得违反公休的带薪属性和病假的医疗期规定。若约定违反法律，则仍属无效，公休不能抵扣病假工资。
2. 非全日制用工的特殊情况：非全日制用工的劳动者通常按小时计酬，其公休和病假的处理方式可能与全日制用工不同。例如，非全日制员工的病假期间若包含公休日，用人单位可能不会单独计算公休工资，但仍不能用公休抵扣病假工资，而是应按照非全日制用工的工资标准支付病假期间的报酬。
3. 企业因生产经营困难与员工协商的情况：若企业因生产经营困难，与员工协商一致将公休与病假结合安排，但需明确公休仍为带薪休息，不能抵扣病假工资，否则协商内容无效。
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在处理公休抵扣病假工资的问题时，需要避免以下常见错误操作：
1. 忽视证据收集：很多员工发现公休被抵扣后，未及时留存考勤记录、工资条等证据，导致后续维权时缺乏有力支撑，无法证明用人单位的错误行为。
2. 盲目签署同意书：部分用人单位会让员工签署“公休抵扣病假”的同意文件，员工若未了解法律规定盲目签署，可能会被认定为自愿放弃权益，增加维权难度。
3. 超过仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若员工发现权益被侵害后未在一年内提出仲裁申请，可能会丧失胜诉权。
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公休被抵扣病假工资可能带来以下法律风险：
1. 经济损失风险：如果用人单位用公休抵扣病假工资，员工会因公休日被错误计入病假而少拿工资。例如，员工病假5天，其中包含2天公休日，用人单位若将这2天公休日从病假工资中扣除，员工将损失2天的公休工资，直接造成经济损失。
2. 权益主张困难风险：若员工未留存考勤记录、工资条等证据，在主张公休不抵扣病假工资时，可能因证据不足无法证明用人单位的错误行为，导致维权失败。例如，员工仅口头提出异议，但无法提供考勤表证明公休日被计入病假，劳动监察部门或仲裁委员会可能无法支持其诉求。
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关于公休是否能抵扣病假工资，首先需要明确两者的法律性质不同。下面为您详细分析不同情况下的处理方式：
公休不能直接抵扣病假工资。
1. 若存在用人单位将员工的公休日与病假时长合并计算、直接抵扣病假工资的情况：这种做法是不合法的，公休是法定休息时间，病假是因病治疗的休假，两者性质独立，公休不应抵扣病假工资。
2. 若存在员工在病假期间包含公休日的情况：公休日仍属于法定休息日，用人单位不能将公休日从病假天数中扣除后再计算病假工资，病假期间的公休日仍应计入病假时长，但公休日本身不产生工资抵扣问题。
3. 若存在用人单位与员工书面约定公休可抵扣病假工资的情况：该约定因违反法律关于公休和病假的强制性规定而无效，公休仍不能抵扣病假工资。

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