以下特殊情况会影响工资被扣问题的处理结果：
1. 公司规章制度未公示：若公司依据未经过民主程序或未向员工公示的《请假制度》扣款（如员工未签字确认手册），该制度无效，扣款行为违法
2. 特殊时期请假：如疫情期间因隔离请假，公司需按正常工资支付，若按事假扣除，属违规，劳动者可要求全额补发
3. 跨地区差异：部分地区对事假工资有特殊规定（如深圳事假扣除后工资不得低于最低工资），若公司未遵守当地规定，扣款无效
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请假工资被扣可能引发以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：如2023年1月工资因事假被扣，劳动者2024年2月才申请仲裁，已超1年时效，仲裁委将驳回申请，无法通过法律途径追讨
2. 证据链断裂风险：如劳动者仅口头请假未留记录，公司否认批准过请假，主张按旷工处理，劳动者因无证据证明请假事实，可能败诉
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请假期间工资被扣的处理需结合请假类型和公司合规性判断，以下为具体分析：
1. 若为事假：公司可根据规章制度扣除相应工资，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准的80%（部分地区规定）
2. 若为病假：需按当地病假工资标准支付（如北京不低于最低工资的80%，上海为本人工资的60%-100%），公司不得全额扣除
3. 若为年假/法定带薪假：公司需正常支付工资，扣除行为违法
4. 若为产假/婚假等法定假：需全额支付工资，扣除属违规
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针对请假工资扣除问题，可依据以下法律规定明确权益：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”；《工资支付暂行规定》第十五条明确“用人单位不得克扣劳动者工资。但有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用”。若公司扣除工资不符合上述法定情形（如事假扣除超比例、病假全额扣、带薪假扣工资），则属违法克扣，劳动者有权要求补发。

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